Krátce po sametové revoluci Zdeněk Bakala pomohl otevřít pražskou pobočku Credit Suisse First Boston a následně spoluzaložil Patria Finance, první soukromou investiční společnost v České republice, která sehrála významnou roli v mnoha projektech privatizace.
Firma se podílela i na vydání první emise českých státních dluhopisů, definování norem správy aktiv či korporátního financování nebo založení pražské Burzy cenných papírů, kde Zdeněk působil jako člen první dozorčí rady. V následujících letech realizoval investice do celé řady odvětví - nerostných zdrojů, realit, dopravy, médií, počítačových her nebo sportu. V roce 2010 Zdeněk přispěl k rozvoji pražské čtvrti Karlín revitalizací historických průmyslových objektů a výstavbou unikátního, administrativně-společenského komplexu Forum Karlín. Zvláštní místo mezi jeho investicemi zaujímá mediální dům Economia.