Po mnoho let je Michaela předsedkyní správní rady Bakala Foundation a rozvíjí filantropické aktivity rodiny. Zapojuje se do jednotlivých programů nadace podporujících vzdělání mladých, talentovaných lidí a pečujících o hodnoty moderní demokracie, mimo jiné jako členka poroty vybírající každým rokem nové stipendisty vlajkového programu Scholarship. Ten do dnešního dne umožnil vystudovat více než 200 mladým lidem na prestižních světových univerzitách.
Bakalovi se podíleli na založení Knihovny Václava Havla v Praze a již dvacet let jsou jejím strategickým partnerem. Michaela byla dvanáct let členkou její správní rady, od června 2023 je předsedkyní poradního výboru. Knihovna pečuje o zachování odkazu a myšlenek Václava Havla, zejména jeho boje za svobodu, demokracii a ochranu lidských práv, přibližuje mladé generaci moderní dějiny a přispívá k rozvoji občanské společnosti. Od založení v roce 2004 se knihovna stala respektovanou a živou institucí, těšící se mezinárodnímu uznání.
Kromě toho hráli manželé Bakalovi klíčovou roli při založení středoevropské pobočky Aspen Institute v Praze v roce 2012 a více jak 10 let byli jeho strategickým partnerem. Michaela coby členka dozorčí rady nadále spoluutváří budoucnost Aspen Institutu.
Rodinná nadace také podporuje aktivity Nadace Fredericka W. de Klerka v Jihoafrické republice, kde Michaela působí ve správní radě po boku její předsedkyně, Elity de Klerk. Tato mezinárodně uznávaná instituce propaguje demokracii, svobodu a lidská práva v Jihoafrické republice. Připomíná a ochraňuje jihoafrickou ústavu prostřednictvím odkazu bývalého prezidenta a nositele Nobelovy ceny míru Frederika Willema de Klerka ve spolupráci s Nadací Nelsona Mandely.